Ultimati gli studi teologici e filosofici, conseguì la laurea in Teologia a Roma (Pontificia Università Gregoriana). Venne ordinato sacerdote il 13 luglio 1946.
Il 29 marzo 1969, è stato nominato da papa Paolo VI vescovo ausiliare di Parigi, ed eletto alla sede titolare di Gemelle di Numidia: è stato consacrato nella cattedrale di Notre-Dame dal cardinale François Marty, arcivescovo della capitale francese, il 27 maggio successivo. Il 22 dicembre 1970 è stato promosso alla sede metropolitana di Marsiglia e l'anno successivo è stato eletto Presidente del neo-costituito Consiglio delle conferenze episcopali europee, incarico che ha ricoperto fino al 1979: dal 1975 è stato anche presidente della Conferenza Episcopale Francese. L'8 aprile 1984 è stato chiamato a Roma e nominato dal Papa Presidente del Pontificio Consiglio della Giustizia e della Pace (incarico mantenuto fino al 24 giugno 1998) e Presidente del Pontificio Consiglio "Cor Unum" (fino al 2 dicembre 1995). In tutti questi anni il Card. Etchegaray ha svolto un instancabile servizio a favore della pace, dei diritti umani e dei bisogni dei più poveri, portando in numerosissime nazioni di ogni parte del mondo il messaggio e la carità del Papa.
Il 15 novembre 1994 è stato nominato Presidente del Comitato Centrale del Grande Giubileo dell'Anno 2000, e in tale veste ha diretto la preparazione e lo svolgimento dellAnno Santo 2000.
È stato creato e pubblicato Cardinale da Giovanni Paolo II nel Concistoro del 30 giugno del 1979, del Titolo di San Leone I. Il 24 giugno 1998 è stato promosso allordine dei Vescovi, del Titolo della Chiesa suburbicaria di Porto-Santa Rufina.
