Le crociate non portarono alcun aiuto all'impero romano d'Oriente, anzi lo indebolirono e aggravarono per di più le relazioni fra le Chiese.
Durante la prima crociata (1096-99) i territori conquistati non furono sottomessi politicamente, come promesso, all'impero romano d'oriente e tantomeno affidati, ecclesiasticamente, ai patriarchi orientali; Antiochia, caduta nel 1098, fu addirittura offerta al papa da Boemondo di Taranto quale «prima sede episcopale dell'apostolo Pietro» e «quale legittima eredità del papato». Il patriarca Giovanni V (1100-1110) fu costretto ad abbandonare la città. In veste di patriarchi latini, furono insediati ad Antiochia Bernardo e a Gerusalemme Dagoberto. Il clero ortodosso dovette prestare giuramento di obbedienza alla gerarchia latina. Ciò approfondì sempre di più la sfiducia reciproca. La parte occidentale considerava gli ortodossi come eretici e pretese di latinizzarli.
Tra i successivi tentativi di intesa vanno menzionati i colloqui di Pietro Grossolano con teologi ortodossi nel 1112 a Costantinopoli e quelli successivi condotti dal vescovo Anselmo di Havelberg nel 1135 sul «Filioque», il pane eucaristico e il primato papale. Motivi politici ebbe il tentativo di unione fatto dall'imperatore Manuele I (1143-80), unione che avrebbe dovuto fruttare all'imperatore l'incoronazione da parte del papa. L'opposizione del patriarca Michele III, che in un confronto pubblico con l'imperatore nel corso di un sinodo respinse le rivendicazioni papali, fece fallire il tentativo.
Con la conquista di Costantinopoli da parte dei crociati nel corso della quarta crociata (13 aprile 1204) e con il saccheggio, anzi la distruzione della città e l'erezione di un patriarcato latino e dell'impero latino di oriente, le prospettive di un ripristino della comunione ecclesiale furono praticamente distrutte. Innocenzo III condannò sì le atrocità, ma esaltò la sottomissione violenta dei greci alla sua obbedienza come opera della provvidenza. La latinizzazione doveva ora spingersi sino all'introduzione del rito latino.
I dialoghi di unione, che malgrado ciò ancora proseguirono (1204, 1206, 1214), si svolsero all'ombra di questa oppressione. Durante una grande assemblea sinodale tenuta nel Ninfeo nel 1234, i legati papali sollevarono per la prima volta la questione del purgatorio. Un piano di unione, progettato a Roma nel 1253/54 da rappresentanti del patriarca Manuele II e dell'imperatore Giovanni III, prevedeva il soddisfacimento delle richiesta giurisdizionali romane e, quale contropartita, la soppressione del patriarcato latino di Costantinopoli e la sua limitazione ai cattolici, ma non andò in porto per la morte dell'imperatore e del papa Innocenzo IV (1254). L'imperatore Teodoro II Lascaris (1254-58) e il patriarca Arsenio (1254-60) auspicarono il ristabilimento dell'unità mediante un concilio ecumenico.
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